Bygningen er et eksempel på nationalromantisk stil med motiver fra renæssancen. Det ses for eksempel på den symmetriske facade med den monumentale trappe. Derudover er mange unikke detaljer på murværket og især tagudhænget værd at lægge mærke til.
Det kongelige Toldkammer har i en årrække gennemgået en større restaurering og fremstår i dag som oprindeligt. Restaureringen medførte, at bygningen i år 2006 blev præmieret af Aalborg Kommune for en flot og gennemgribende restaurering af en af Aalborgs gamle værdifulde bygninger, så den fremstår smukt i bybilledet. Ligeledes har bygningen i 2007 modtaget årets "Ros" pris og i 2007 modtog det "Årets facadepris".
Det Kongelige Toldkammer er placeret på den nye havnefront kun få skridt fra Aalborgs strøg. Lige foran Toldkammeret på Toldbod Plads ses Danmarks første musikalske fontæne opført i 2007. Hver dag i sommerhalvåret frem til uge 42 kan aalborgensere, nordjyder og turister nyde de flotte springvand, der i forskellige tempi kaster vand op i vejret. Fire gange i døgnet - klokken 12, 15, 18 og 21 - krydres springvandet med en ouverture fra Georg Friedrich Händels Water Music, som spiller i ca. 3 minutter.
Historisk set har der siden 1556 ligget en toldbod samme sted som Det Kongelige Toldkammer nu ligger. På dette sted mundede Østerå nemlig ud i Limfjorden. Østerå blev dengang gravet ud og gjort bredere og dybere, således at skibe kunne sejle hele vejen op til de store købmandshuse fx Jens Bangs Stenhus og Jørgen Olufsens Gård. Østerå blev fra 1872 overdækket stykke for stykke og i 1897 ledt uden om centrum og dækket til.