Vor Frue danner sydfløjen til det relativt velbevarede klosteranlæg. Kirken blev oprindeligt kaldt Skt. Nicolai Kirke efter søfarendes helgen og kan efter fundet af dets krypt i 1950'erne dateres helt tilbage til o. 1000.
Kirken indeholder tre kirkerum: det store centrale kirkerum, Kryptkirken og Klosterkirken.
Kryptkirken er Aarhus' ældste kirke fra 1060 og har rødder tilbage fra vikingetiden. Rummet er Nordens ældste hvælvede rum og dermed ca. 1000 år gammel. Kryptkirken lå hengemt og glemt i mange år og blev først genfundet i 1955, hvor den gennemgik en stor renovering. Et besøg i vor Frue Kirke og Kryptkirken er en historisk og helt unik oplevelse, du ikke må gå glip af, når du besøger Aarhus.
Der er mulighed for rundvisning efter aftale med kirkekontoret.
Søn- og helligdage er kirken kun åben for kirkegængere.