Den første kirke i Tønder hed Sankt Laurentius. Den blev nedrevet efter reformationen. Den anden kirke hed Sankt Nikolaj. Da den blev bygget 1350, lå den i byens udkant. Efter reformationen, hvor Tønder var under hertugen af Gottorp, ville man have en ny og større kirke (måske endda en domkirke for hertugen).
Man lod tårnet stå, rev skibet ned i 1591. Og allerede den 4. oktober 1592 kunne man indvie den nye kirke, bygget i middelalderstil, men nu efter reformationen skulle den ikke hedde noget med sankt.
Den kom til at hedde Kristkirken. Kirken er bl.a. berømt for sine epitafier, de tavler som byens rige borgere lod sætte op. Den første er allerede fra 1586, hvor man var begyndt på at tænke på en ny kirke. Prædikestolen, der har givet navn til mange stole på Tønder-egnen, er også fra 1586.
Desuden er kirken berømt på grund af Hans Adolf Brorson, der var "dansk og 3. præst" her 1729-37. Hans første salmehefte blev udgivet her i 1732..