Kirken er fra 1100-1200-tallet. Lidt før år 1500 blev kirkens skib, altså selve bygningen, længere, så kirken kunne rumme flere mennesker. I gamle dage blev kirketårnet brugt som sømærke, når folk skulle ud at sejle.
Den ældste del fra romansk tid ses udvendig med rundbuefrise. Senere (15-1600) udvidet mod øst og vest. Tårnet blev færdigt omkring år 1600.
Kirkens rigt udskårne prædikestol er fra ca. 1580, og altertavlen er fra 1632.
I kirken er der en række kalkmalerier af "træskomalerne", som er en lille gruppe på 2-3 kalkkunstnere, der malede deres kunstværker mellem 1475-1512.
Der er et gammel sagn om, at en mand ved navn Marsk Stig døde på Møllerup Gods, og at han er begravet under kirkegulvet i Stubberup Kirke.