Mange gange gennem århundrederne er havet skyllet ind over øen. Den nuværende stormflodssøjle er opsat i 1959. Den er kronet med en krans af bronze med forbogstaverne for de fire verdenshjørner.
I oktober 1634 blev den danske del af Vadehavet ramt af en storm og efterfølgende stormflod, der for altid forandrede kysten.
Vandstanden stod 6,3 meter over normalen og det skønnes, at mellem 8.000 og 15.000 mennesker druknede under stormen, der ramte hele den jyske vestkyst.
Se også stormflodssøjlen ved Mandø Ebbevej på fastlandet med udskæring af "Fru Ingeborg".
Stormflodssøjlen på Mandø