Størstedelen af det oprindelige kirkerum er bevaret - ligeledes de romanske kalkmalerier på nordvæggen i kor og skib fra omkring 1170.
Skanderup Kirke mistede dog i 1846 to epitafier, kirkedørene og størstedelen af de lukkede stolestader da kirken i en ni uger lang periode blev huseret af de berygtede "Kurhessere" som brugte kirken til kasserne (Kurhessen var et suverænt fyrstedømme i det nuværende Tyskland). De brød desuden gravstederne op inde i kirken og stillede skeletterne langs kirkemuren. Efter den behandling måtte kirken gennemgå en større renovering inden den igen kunne tages i brug d. 10 marts 1850.