Præstø by nævnes tidligst omkring 1300, og på det tidspunkt har der sikkert også ligget en kirke i byen.
I første halvdel af 1400-tallet begyndte man at bygge et tårn til kirken. Den øvrige del af den gamle kirke var imidlertid i meget dårlig stand, og omkring midten af l400-tallet gik man i gang med at opføre en helt ny bygning - den nuværende nordlige del af Præstø Kirke.
Det første, der blev bygget, var korpartiet med den ejendommelige femkantede afslutning.
Præstø kirke er åben for besøgende i dagtimerne kl.10-16. Alle ugens dage når det er sommertid, kun hverdage når det er vintertid.