Malt Kirke blev voldsomt hærget under svenskekrigene i 1657-60. Både kirke og område led under de polske lejetropper, som bl.a. lå ved Skudstrup syd for Kongeåen. Det var også dem, der bragte den sorte død, eller pesten til området. I perioden efter var det så slemt, at der ikke kunne holdes gudstjeneste i kirken. Det blev ikke bedre af, at kirkeejerne i den efterfølgende tid ikke kunne afse midler til kirkens istandsættelse. Malt Kirke har i perioder hørt under herregården Estrup.
Kirkebygningen
Selve kirkebygningen er en romansk kvaderstensbygning med kor og skib antagelig opført i sidste 3. del af 1100-erne. Kort tid efter kirkens opførelse blev der tilføjet et tårn. Våbenhuset på sydsiden af skibet er fra senmiddelalderen. De fleste af de hvidkalkede mure antages at være oprindelige, og flere kvadre er hugget ud af samme granitblok, de såkaldte søstersten. F. eks. korets 3. skifte samt ved døren mod syd. Der er anvendt forholdsvis lange kvadre. Kirkebygningen har skifertag, der er totalrenoveret i 2014.
Kirkeskibets syddør, dvs. døren fra våbenhuset og ind i kirken, udgøres af en to-søjleportal ligesom i Føvling Kirke (begge inspireret af Ribe Domkirke). Portalens overligger er forsynet med inskription på latin, der oversat betyder: Bank på og der skal lukkes op for jer. Unægtelig et godt eksempel på præcis kommunikation i både konkret og overført betydning.
Malt Kirkes inventar
Det hvidkalkede kirkerum rummer inventar fra hele kirkens levetid. Fra kirkens opførelse stammer døbefonten i granit med relieffer, hvor de gode kræfter kæmper mod de onde. Døbefonten anses for at være et mesterværk blandt jyske døbefonte grundet sin kunstneriske og håndværksmæssige udførsel. Altertavlen er fra 1588 og er i ungrenæssancestil med gotiske træk. Der er tale om træskærerarbejde udført af Mads Christensen Gamst med malerier i storfelterne fra 1927 udført af Troels Trier (farfar til den nulevende Troels Trier fra musikgruppen Røde Mor). Malerierne viser Kristus i Emmaus, og er malet efter inspiration fra Rembrandt. Alterklædet er udført af den lokale tekstilkunster Ingrid Fogh, Askov. Prædikestolen er opsat 1588 og er smykket med ornamentik. Der er i kirken fundet rester af et gyldent alter fra omkring 1200-tallet, som dog bærer præg af plyndring. Et af de ophængte kirkeskibe hedder Hulda, og det er opkaldt efter Hulda la Cour, der var gift med Poul la Cour, som var højskolelærer på Askov Højskole og videnskabsmand.
Grunden til, at der står 1179 på muren, er ikke, at det er kirkens byggeår, for ved ombygningen i 1879, var smeden løbet tør for 8-taller!
I koret har man fundet glas fra et meget gammelt glasmaleri. I 1985 blev der indsat glasmosaik med vedbenmotiv udformet af Sven Havsteen-Mikkelsen.
Kirkegård
Malt Kirkes kirkegård har bevaret sine gamle skel, og hegnes stadig af gamle kampestensdiger. Øst for koret vokser en meget stor og karakterfuld rødbøg. En tidligere klokkestabel brød sammen under aftenringningen den 5. september 1878, og det kostede klokkeren Peter Iversen livet. Nordøst for kirkegården har ligget en helligkilde.
Arkæologisk set blev der i 1958 fundet stilladshuller fra kirkens opførelse. Man kunne se, at der har været brugt stillads både ude og inde, så udgravninger ved kirken har givet ny viden om de romanske kirkers byggeteknik.