Kongeåen er en af de få store åer i landet, hvis forløb er forholdsvist uberørt. Der er ikke gennemført vandløbsreguleringer på åen. I 1980 gennemførtes en større fredning af Kongeådalen. Fra 1864 til 1920 udgjorde Kongeåen, på et langt stykke, statsgrænsen mellem Danmark og Tyskland.
Der gælder særlige regler for fiskeri i Kongeåen. Se www.sydvestjydsk.dk under fiskevand og regler.
På strækningen 2 km øst for Foldingbro og til Vadehavet er det tilladt at fiske. Fiskeretten tilhører Sydvestjysk Sportsfiskerforening, og fiskekort og fisketegn kan købes på www.fisketegn.dk og http://www.fiskekort.dk/