Gennem flere hundrede år har fiskerihavnen i Kerteminde været Fyns største, og langt op i tiden har det vigtigste fiskeri været sildefiskeriet, som foregik som drivgarnsfiskeri i sensommeren og efteråret. Fiskeriet var ret mandskabskrævende, idet det både krævede folk til at bemande de små sildejoller og skuder og på land folk til at rense, salte og pakke silden.
Endnu op i 1900-tallet var sildefiskeriet i Storebælt Kerteminde-fiskernes dominerende indtægtskilde. Den bådtype, der primært brugtes til drivgarnsfiskeri efter sild i de kystnære farvande, var den såkaldte bæltsbåd, men i øvrigt deltog alle mulige fartøjer i det indbringende fiskeri. Fiskere kom tilrejsende fra bl.a. de sydfynske øer, hvor smakkejollen var den dominerende bådtype.
For fiskerne i 1800-tallets Kerteminde var selve afsætningen af fisken det store problem. Som regel oversteg fangstmængden den lokale efterspørgsel, og ikke sjældent skete det, at omegnens bønder kom og hentede den overskydende del af fangsten for to kroner pr. vognlæs og brugte den som gødning på markerne.
Bæltfiskeriets glansperiode lå i begyndelsen af 1900-tallet. Kombinationen af gode fiskemuligheder og teknisk innovation gav fiskerierhvervet et kraftigt løft. Vigtigst var, at bæltsbåden blev motoriseret, så dens aktionsradius blev markant forøget. Fra at have været et fartøj, der kun kunne bruges nogle måneder om året, blev bæltsbåden nu benyttet til fiskeri hele året. Båden blev forsynet med et lukaf forret, ruf til motoren bagest og med dam i midten, så fisken kunne holdes frisk. Samtidigt skete der med udbygningen af jernbanenettet en mærkbar forbedring af transport- og afsætningsforholdene. En stor del at sildefangsten blev eksporteret, fortrinsvis til Kiel og Eckernførde, og i Kerteminde som i andre større havnebyer opstod der i bæltfiskeriets kølvand en betydelig følgeindustri.
En stor del af arbejdet inden for fiskerierhvervet foregik på land. Forud for forårets bundgarnsfiskeri var gået et stort arbejde med forarbejdning af pæle, pælesætning og barkning af garn, men til gengæld kunne bundgarnene genanvendes, når fiskeriet efter makrel og hornfisk afløste sildefiskeriet senere på foråret. Da der var færre joller end bæltsbåde, gik et par fiskere gerne sammen om en jolle. Det ideelle var to mand i båden, og en tredje der gik hjemme og gravede orm til de ca. 800 kroge, ofte ved den lille ø Melen ved Langebro eller på det lavvandede område ved Longen i fjorden.
Da jernbanen kom til Kerteminde i 1900, skød en mindre koloni af fiskepakkehuse op på begge sider af havnen, så tæt på banen som muligt. Når bæltsbådene var kommet i havn og fisken pillet af garnene og lagt i kasser, mødte fiskehandleren eller hans medhjælpere op for at afhente kasserne. I fiskepakkehusene skulle fisken nu skæres op og pakkes, ises og mærkes til forsendelse, inden den blev læsset på jernbanevogne. Specielt under de to verdenskrige tjente fiskeeksportørerne gode penge og opbyggede pæne formuer, der satte dem i stand til at kautionere eller yde lån, når fiskerne skulle investere i nye redskaber eller fast ejendom.
Ikke al fisk fra Kerteminde blev solgt i uforarbejdet tilstand. For lokale iværksættere var det en oplagt mulighed at foretage forarbejdningen, hvor leverancerne var lige ved rælingen, og i kølvandet på det blomstrende bæltfiskeri opstod en følgeindustri på land. Især under første verdenskrig var det en lukrativ forretning at eksportere fiskekonserves, og i 1916 startede hele to fiskekonservesfabrikker i byen, ”Kerteminde” og ”555.
I 1935 blev Kerteminde Fiskeauktion oprettet. Ud for hallen blev der ved kajen bygget en u-formet træbro, hvor fiskerne kunne fylde i hyttefade og ruser, når de kom ind ”uden for åbningstid”. Trods modstand fra fiskerhandlernes side blev de efterhånden tvunget til at gøre brug af auktionen, hvilket for fiskerne betød stigende priser.
Gennem de sidste halvtreds år har ny teknologi i form af ekkolod, radio, telefon, radar og meget andet gjort fiskerne langt mere effektive med stærkt forøget fangstmængde til følge. Samtidigt har kutternes voksende effektivitet og stigende kapitalkrav fået Kertemindes fiskerflåde til at skrumpe, og mange fiskere er forsvundet ud af erhvervet. For fiskerihavnen har denne udvikling betydet helt nye forhold. Bådeværfter, fiskehuse - og senest fiskeauktion i 2003 – er forsvundet, og det myldrende liv, der kendetegnede fiskerihavnen, hører en anden tid til.
Fiskeihavnen er en nostalgisk arbejdende aktiv havn, hvor det er muligt at købe frisk fisk direkte fra kutteren.