Sagnet lyder at kirken blev bygget af en skipper i havsnød, der lovede at opføre et kapel, hvis han blev frelst. Siden kirken blev bygget omkring år 1250 havde klintekanten nærmet sig ubarmhjerteligt. Ifølge lokale sagn rykkede kirken hver julenat et hanefjed ind i land, men det var altså ikke nok til at redde den. I 1600-tallet var klinten begyndt at gnave sig ind på kirkegården med det makabre resultat at kisteender og skeletter stak ud af klinten. I 1910 opgav man at bruge kirken, med der skulle gå endnu 18 år inden skæbnen indhentede bygningen.
Den 16. marts 1928 klokken fem om morgenen skete der et klinteskred ved Højerup. Det er sket både før og siden, men dette klinteskred var specielt, fordi det tog koret fra Højerup gl. Kirke med i faldet. Den delvist nedstyrtede kirke blev hurtigt et tilløbsstykke. I løbet af tre dage besøgte omkring 40.000 mennesker Højerup. Alle var fascinerede af det dramatiske syn af en overrevet kirke og de sørgelige rester af kor, alter, gravsten, kister og skeletter ned på stranden. Ret hurtigt efter styrtet blev det besluttet at sikre kirken mod yderligere nedstyrtning. I dag knejser kirken stolt på den yderste klintekant, og det forsvundne kor er blevet erstattet af en udsigtsterrasse, der giver et fantastisk udsyn over klint og hav.
Der skal betales parkeringsafgift på kr. 50.- på parkeringspladsen ved kirken, medmindre man under sit besøg også spiser på Traktørstedet Højeruplund. Her kan man få en gratis p-billet når man betaler regningen. Afgiften går til at holde mindelunden og omkring liggende arealer.
Se kirken i 3D her