Ligesom han gjorde på sine andre godser i hertugdømmerne Slesvig og Holsten, skabte hertug Hans et system af godser med store marker tilhørende herregården og disse marker blev bearbejdet af en arbejdsstyrke fra et voksende antal husmandsbrug og mindre gårde. Store gårde blev brutalt nedlagt, hvilket gav ham et ry som en ond bondeplager. Til gengæld var han dog før sin død i 1622 blevet hertugdømmernes største fødevareproducent. I løbet af 1600- og 1700-tallet blev Ærø også det slesvigske hertugdømmes mest intensivt dyrkede område.
I 1749 blev Ærø samlet under den danske konge som hertug af Slesvig. Senere blev de fire herregårde på Ærø: Søbygaard, Gudsgave, Gråsten og Voderup opdelt i mindre lastrum. I kombination med en hurtigt og støt voksende befolkning blev Ærø en ø domineret af husmandsbrug og mindre gårde.
De mange stengærder afspejler denne gårdstruktur, der har præget Ærø op til de sidste 30-40 år, og som i dag er et særligt karakteristisk landskabselement på øen. Tilstedeværelsen af stenmurene afspejler også koncentrationen af sten og kampesten i de øverste glaciale sedimenter aflejret af Young Baltic Glaciation for 19-17.000 år siden.