Øen er præget af smukke gamle gårde, lavvandede badestrande og gode fiskemuligheder. Der er ingen asfalterede veje, så al transport foregår til fods, på cykel eller med traktor. Der er langt flere huse på øen end beboere, og mange af husene er i dag fritidshuse, som ejes af folk fra alle dele af landet. I dag bor kun få personer fast på Birkholm.
Birkholm er den fladeste af de beboede øer syd for Fyn. Hylsbanken er øens højeste punkt, som ligger på den nordvestlige del. Knapt to meter rager den op over daglig vande. Derfor er Birkholm beskyttet af dobbelte diger. Bydiget, der omslutter husene i byen, er 2,8 meter højt og 2100 meter langt, og der er tradition for, at øens beboere vedligeholder digerne hvert år i skolebørnenes efterårsferie.
Den lille færge Birkholmposten sejler dagligt til øen fra Marstal, men kræver pladsbestilling senest dagen før afgang.
Størstedelen af kysten udgøres af holocænt marint forland. Mod nord findes en større strandeng med strandsøer og oddedannelsen Revet, og mod sydøst findes en længere retoddedannelse, Sandhoved. Syd for øen – ud for den lille havn – ligger Mørkedybet, der om sommeren er landevej for tusinder af lystsejlere med sine 14 meters vanddybde. Mørkedybet er en tidligere smeltevandsflod.
I 1870’erne boede 89 mennesker på den lille ø, og øen havde sin egen skole (som lukkede i 1976), købmand, telegraf- og samtalestation og maskinmølleri. Den voldsomme stormflod i 1872 var hård ved den lave ø, som i den grad blev oversvømmet. Samtlige huse på Birkholm stod i vand, og beboerne måtte redde sig op på lofterne og nogle steder ud på tagene af deres huse. Alle beboere overlevede, men det meste af øens husdyrbestand måtte lade livet.
1874 overskyllede endnu en stormflod den lille ø. Denne gang skete der ikke så stor skade på øens ejendomme, men markerne kunne ikke dyrkes i flere år efter den Store Saltflod, som den blev kaldt. Kort tid efter blev øens diger anlagt.