Museet har Danmarks største samling af Karl Bovin – én af Danmarks kendte landskabsmalere, samt af andre lokale kunstnere, som Eyvind Karup Nielsen, Erik Skjoldborg, Poul Sørensen m.fl. Frederikshavn Kunstmuseum & Exlibrissamling viser årligt 6-8 skiftende udstillinger.
Desuden er museet et af de få europæiske, og nordens eneste, museum for exlibriskunst. Museet rummer én af verdens største samlinger af exlibris – eller bogejermærker. Samlingen omfatter ca. 250.000 originale exlibris. Samlingen har en hjemmeside med gengivelse og registrering af ca. 30.000 exlibris – www.art-exlibris.net