Menigheden har sit udspring fra Aalborg, Hals og Jetsmark baptistkredse, og talte ved stiftelsen 162 medlemmer. I årene fra 1869 til 1901 drev menigheden skoler - i 1887 seks skoler med 4 lærere og 2 lærerinder. Menigheden trivedes og etablerede siden kredse i Skagen og Jerup. I 1901 blev menigheden delt første gang, og der etableredes en ny, selvstændig menighed i Sæby, der ved stiftelsen talte 131 medlemmer. Menigheden deltes igen i 1934, hvor Sindal menighed stiftedes med 182 medlemmer.
Menigheden købte et lille hus i Nørregade nr. 15 i Frederikshavn som sit første samlingssted. Her blev møderne holdt de første år efter købet, men det blev hurtigt klart, at det var for lille til formålet. Der blev forsøgt udvidelser, bl. a. anskaffede man en større sal i Søndergade 20, hvor Baptistsamfundets årsmøde blev afholdt i 1895 med en årsmøde-afslutning i Plantagen, men man savnede en rigtig kirke, og denne stod færdig i Asylgade i 1896. Den er senere udvidet og moderniseret adskillige gange, sidste gang i 2013, hvor kirkesal og menighedssal blev renoveret med nye farver og ny udsmykning.