Femø Kirke er bygget omkring år 1500. Den ligger højt i det bakkede terræn og kan ses fra havnen. Kirken blev indviet til de søfarendes skytshelgen Sankt Nikolaus.
Af kirkens inventar falder især et krucifix over alteret i øjnene. Det er oprindelig gotisk, fra ca. år 1300. Det blev anbragt i 1939.
Den tidligere altertavle står i tårnrummet.
Døbefonden er et gotisk kalkstensarbejde med spidsbuede bægerblade hentet fra Gotland. Der findes et dåbsfad af messing fra 1859 og en dåbskande af tin anskaffet i 1862.
Prædikestolen er i renæssancestil fra omkring 1580. Den hviler på en snoet søjle, og i fyldningerne er der forskellige bladornamenter og figurer og der står: "Hvo, som haver Øren at høre med, han høre", et citat fra Mattæusevangeliet.