Faktisk har hovedvejen gået over Estrups gårdsplads, for hovedbygningen fra 1721 ligger syd for vejen, mens avlsbygningerne har ligget nord for - laderne har været udsat for brand og er ikke blevet genopført efter seneste brand i 1976. Det var Hans Bachman, der stod for byggeriet – og han ejede også herregården Sønderskov, der ligger tæt ved Estrup. Frem til 1861 måtte man faktisk igennem gårdens porte, når man fulgte vejen.
Den nuværende tre-fløjede hovedbygning i renæssancestil er opført af Hans Blachmann i 1721, og han valgte at bygge oven på murværk fra en bygning fra 1500-tallet.
I denne del af Jylland var der ikke mange herregårde. Vi kender til Estrup Hovedgård siden 1553, hvor gården var ejet af Lene Rosenkrantz, enken efter Thomas Juel, som også ejede herregården Sønderskov få km fra Estrup. Han var forøvrigt en ivrig heksejæger.
Der har sandsynligvis i hine tider ligget en landsby omkring Estrup, men man mener den er blevet forladt efter svenskekrigene og dertilhørende polske lejesoldater i 1657-1660. De polske soldater bragte pesten med til området, og det gik hårdt ud over Malt Sogn, som Estrup ligger i, samt nabosogne. I 1695 blev Estrup Hovedgård solgt til Christian Claudi, den første borgerlige herremand på gården. Han ejede også Skodborghus, der lå ved Kongeåen.
Omkring 1860 blev bygningens facade og udtryk ombygget.
Estrup Hovedgård med tilhørende skov og landbrugsjord er i dag ejet af en privat fond, og bygningen kan kun ses udefra. Bygningerne har de seneste år gennemgået en omfattende renovering med nyt tag og indvendig istandsættelse.