Så vidt man ved, er Egense Kirke bygget omkring 1120 af egnens beboere, der også har vedligeholdt kirken i de første par århundreder. I 1529 overtog adelsmanden Eiler Rønnow kirken og lagde den ind under godset Hvidkilde, som i forvejen havde råderet over 6 andre kirker på Sydfyn.
Kirken består af et romansk skib og et gotisk kor. Tårnet i vest, den lille udbygning på nordsiden og kirkens hvælvinger er fra samme periode.
Kirken har gentagne gange været restaureret. Derom vidner årstal og jernankre i murene: 1743 S:A:R:L: 1822 og O.D.R. 1862.
Egense kirke er i øjeblikket lukket og gennemgår en stærkt tiltrængt renovering. Kirken forventes genåbnet i sommeren 2016