Bogense Kirke er opført i 1100-tallet som en lille landsbykirke, men er blevet bygget om og udvidet flere gange.
I 1400-tallet havde den sågar to etager. Anden etage er måske blevet brugt som kornkammer eller varelager for byens borgere. I 2009 fik kirken en gennemgribende renovering.
Kirken er viet til Sankt Nikolaj, også stavet Sankt Nicolaj, sejlernes og sømændenes helgen. Derfor kaldes kirken også Sankt Nikolaj Kirke.
Kirkens tårn er østvendt i modsætning til næsten alle danske kirketårne, der vender mod vest. Kirken er for tæt på skrænten, til at tårnet kunne placeres mod øst.
Tårnet var før i tiden et vigtigt sømærke, der kunne ses langt fra.
Tårnet har et højt ottekantet spir, der er tækket med mere end 27.000 sorttjærede egespåner. Øverst er der en kuppel, der er 60 cm i diameter. Under 2. verdenskrig skød de tyske soldater til måls efter kuplen, så den måtte renoveres derefter.