Assersbølgård kan føre sin historie tilbage til middelalderen, hvor gården lå centralt i forhold til datidens vejsystem og Lindknud Bæk, der løber ud i Holsted Å.
Der har sandsynligvis ligget en tidligere hovedbygning sydøst for den nuværende centrale bygning, fordi der findes en borgbanke, som bækken snor sig rundt om på tre sider og dette kan have udgjort en voldgrav. Bækken var mere vandrig dengang end nu. Der er fundet rester af bygninger nær den eksisterende bygning.
Assersbølgård hørte i en periode under Skodborghus, som lå ved Kongeåen og var "mellemstation" mellem kongeborgene i Ribe og Kolding - alle tre steder var centrale skatteopkrævningssteder langs med Kongeågrænsen mellem Danmark og hertugdømmet Slesvig. Gården var nu blevet til to halvgårde med to fæstere. Fra 1664 og frem var Assersbølgård ejet af en rådmand i Ribe, en proprietarius og en præst. En kort overgang i midten af 1700-tallet var Assersbølgård ejet af herremanden på Hundsbæk tæt på Læborg. Enken fra Hundsbæk beholdt den ene halvgård. Den anden halvgård tilhørte herremanden på Sønderskov, men i 1779 kom begge halvgårde ind under herregården Sønderskov syd for Brørup. i 1781 kom Assersbølgård ind under Estrup Hovedgård, der stadig findes.
i 1842 blev Assersbølgaard fattiggård for Lindknud og Brørup sogne. i 1846 købte en ny ejer gården, han fik bygget nyt og samlet jord men måtte opgive omkring 1863, og det sendte gården på skiftende hænder over en årrække indtil 1899, hvor et nyt ejerpar drev stedet som optagelseshjem. Det betød at man fik straffefanger med udstået straf i forløb og overgang til normalt liv. i 1978 blev gården solgt til Ribe Amt, der indrettede bygningerne til kostskole for sent udviklede unge.
I dag drives Assersbølgaard som moderne event- og mødested med mangfoldige aktiviteter til teambuilding, oplevelser og selskabslokaler etc.