Arup Kirke består af romansk skib og kor opført af granitkvadre. Ingen af de oprindelige vinduer er bevaret. Derimod er der bevaret spor af alle tre vinduer i koret.
Ifølge en indskrift på alterkalken fra 1505 er kirken indviet til Sankt Morten. Kirken var i privateje fra 1723, til den blev selvejende den 1. juli 1913.
Klokken er fra o. 1300.
Altertavlen, der er af lutheransk fløjtype, er fra årene 1580-90. På altertavlens fløje ses til venstre Moses, der står med lovens to tavler.
Disk, kande og oblatæske er fra 1800-tallet.
Der findes et glat dåbsfad af messing fra 1862.
Kirkeskibet er den tremastede bark »Neptun«. Det er bygget af H. Flyvholm og skænket af sognets beboere i 1941.
Tavlen hænger i skibets vestende på nordvæggen.
Fattigblokken er fra 1700-tallet.
Arup Kirke blev ramt af jordskælv den 3. april 1841, og tårnet slog revner.