I området omkring Frendrup Nihøje er der fundet rester af noget af den første beboelse i Himmerland og rester fra opdyrkede marker tilbage fra bronzealderen. Ved lågen til indgangen ligger en skålsten fra bronzealderen med en synlig helleristning. Stenen er mellem 2500–3000 år gammel.
I middelalderen lå gården Frendrup Gård et par hundrede meter vest for højene, og ved udgravninger er der fundet rester af både en opmuret bageovn og en vandmølle. Gården var i sin tid ejet af kirken og blev derfor nedlagt, da kongen overtog gården i forbindelse med Reformationen i 1536. Det er ikke muligt at se noget fra gården i dag.
Frendrup Nihøje vil være et naturligt besøg, hvis man tager en cykeltur med Vokslev Ruten fra Nibe mod Ellidshøj.