Som led i bestræbelsen blev Færgestrædet udvidet til en egentlig processionsplads. Den første udvidelse var imidlertid ikke stor nok til kongens heste og vogne, og allerede i 1551 blev Færgestræde udvidet igen, hvorved Adelgade opstod.
I 1752 blev der opført en ny bro i forlængelse af skibsbroen. Den nye bro fik navnet Byens Bro og efter en række udbygninger og ændringer, blev stedet med tiden kendt som Midtermolen. I 2015 blev det besluttet at omdøbe Midtermolen til Kongens Skibsbro og det er omkring den, at den nye havn voksede frem. I 1823 blev Østerhavnen anlagt, og i årene 1852-1856 blev Vesterhavnen etableret. Vest for denne opstod fiskeri- og lystbådehavnen i slutningen af 1920'erne, og flere udvidelser fulgte efter. I 1973 blev den inderste del af Vesterhavnen fyldt op i forbindelse med anlæggelsen af et RO-RO leje.
Øst for Østerhavnen blev der i 1872 anlagt en mole til Storebæltsdampskibene. Molen blev senere døbt Tyrmolen efter isbryderen Tyr, der fik plads der.
1800- og 1900-tallet bød på mange ændringer inden for transportområdet, hvilket har været med til at præge havnens udseende. Her kan nævnes jernbanestrækningen Nyborg-Odense der blev indviet i 1865.
Færgehavnen blev desuden udvidet i årene 1892, 1910, 1933 og 1953, og bestod således af fem færgelejer fra midten af 1950'erne.
Da Storebæltsbroen åbnede for jernbanetrafikken i 1997 var jernbanefærgernes rolle udspillet.
I løbet af første halvdel af 1900-tallet steg antallet af bilister markant, og bilisterne ønskede at tage bilen med over Storebælt. I begyndelsen blev bilerne fragtet med jernbanefærgerne, men i 1930 åbnede et helt nyt bilfærgeleje ved Midtermolen i Vesterhavnen, og bilfærgen Heimdal påbegyndte en af mange ture på ruten Nyborg-Korsør. Bilfærgerne i Nyborg og Korsør kunne efterhånden ikke håndtere den stadig stigende bilmængde, og i 1957 blev en ny bilfærgehavn taget i brug på Knudshoved.