Rødsten består af smeltevandssand, som er kittet sammen af jernforbindelser, der giver den rustrøde farve. Rødsten er nemme at forarbejde og er brugt i byggeriet af flere af danske kirker. Kombinationen mellem rødsten og de lysere granitsten giver Staby Kirkes mure et helt særligt farvespil.
Stenmesteren har også leget med skulptur. For eksempel har rundingen i koret fine arkitektoniske detaljer i form af en firpasåbning.
Under en storm i 1719 faldt to gavle ned, hvorefter tårnet fik sin nuværende form.
Mod syd ligger et sengotisk kapel (tidligere våbenhus). Apsis er overdådigt prydet; fem halv søjler deler muren i seks rundbueblændinger med bueslag af jernal. Tårnrummet bruges som våbenhus.