Ser man i den første matrikel i 1660-1662 (opmåling med beskatning for øje), ser man på stedet en gård med Sognefogedgårdens hartkorn, og den kan derfor være den samme. Gården menes at være endnu ældre, men dette vides ikke med sikkerhed. Jorden under gården har aldrig været dyrket, så den kan derfor være helt tilbage fra middelalderen, og endda ældre.
Sognefogedgården er den sidste gård der er tilbage i den gamle landsby Vester-Flade. Der lå oprindelig seks gårde på rad og række, på kanten til Skagens Odde, med hede og eng mod nord, og den gode landbrugsjord mod syd.
I dag er de øvrige gårde enten raget ned eller bygget om til almindelige beboelsesejendomme, og landbrugsjorden er blevet udstykket til industri-, handels- og boligområder i Frederikshavns vestby. Kun Sognefogedgården står tilbage som en lille uberørt perle i området, tillige med laden fra gården Damsgård.
Den står som en gård fra 1900-tallet, med alt dens inventar fra dens sidste ejer Peter Munk, der var en meget nøjsom mand. Peter Munk døde i 1990 uden at blive gift og uden arvinger.
Sognefogedgården er i dag et museum og et godt sted, hvis man er interesseret i at få et indblik i det gamle landbrugsliv.
Når der er særåbent laves der Madam Blå kaffe på det gamle komfur i det lille køkken, og det er også her vi finder noget så sjældent som en stor stenbygget ovn.
Tiden står stille på det lille autentiske og levende museum, der som det eneste sted i Frederikshavn formidler hvordan de gamle frederikshavnere i området levede i første halvdel af 1900-tallet. Gården står som om den sidste ejer lige har forladt gården for en kort stund. På rundvisningerne fortælles sjove anekdoter om den sidste ejer, og hvordan man boede her i gamle dage.