En væsentlig drivkraft til at få bygget kirken, var endvidere kredsene omkring den daværende Kvissel Højskole.
Kirken er tegnet af arkitekt Charles Jensen, der har fundet forbilleder i middelalderens kirkebyggeri. Den er bygget af munkesten sat på rå u-tilhuggede kampesten. I 1925-26 er der indhugget et granitrelief over kirkedøren. Det forestiller Jakobs kamp med englen og er udført af kunstneren Gunnar Hansen.
I skibet er der krydshvælvinger, mens der er en stjernehvælving i koret.
Lysekronerne, der er af messing, er skænket i 1941 af tidligere elever fra Kvissel Højskole.
Alterbilledet er udført af Rud Petersen i 1923 og er malet til kirken. I årene indtil alterbilledet blev opstillet, hang der et dannebrogsflag over alteret. Under altertavlen ses et mur-relief der er tilføjet i 1944.
Udskæringerne på alterskranken er udført af Thomas Pedersen, der også har udskåret bænkegavlene.
Døbefonten er middelalderlig og menes at stamme fra Essenbæk klosterkirke.
Kummen er glat med en svag tovsnoning foroven. Den står på en muret fod.
Prædikestolen er lavet til Fladstrand kirke i 1690, men efter opførelsen af Frederikshavn kirke i 1892 blev Fladstrand kirke kun anvendt til begravelser. Der var derfor ikke brug for en prædikestol, hvorfor den blev skænket til Kvissel kirke.