Kirken er et anneks til Kyndby Kirke, og hørte tidligere under Svanholm Gods. Kirken har i umindelige tider ligget ensomt i det bakkede landskab. Krogstrup Kirkeby blev lagt øde ved Den Sorte Pest i midten af 1400-tallet, og forsvandt helt. Siden er der foretaget mange restaurereinger og tilbygninger. Kirken er senest gennemrestaureret i 1971.
Kontakt Kyndby præstegård hvis rundvisning ønskes.