I Vor Frue Kapel (der i 1416 til opført til ære for Vor Frue, Jomfru Maria) er i dag indrettet som museum – her er der mulighed for at se Køge Kirkes historie fra begyndelsen, op igennem tiden og til nu.
Det er muligt at besøge kirketårnet i skolernes sommerferie – dog imod entré.
Ved kirkelige handlinger kan kirken være lukket.