I år 1018 kom Knud den Store til herregården og håndværksboderne ved Søndersø og fik slået guldmønter. Viborg udviklede sig hurtigt til et centralt magtcenter, hvor kongen holdt landsting, retterting og kirken holdt religiøse fester.
I 1027 blev Hardeknud som den første konge hyldet på Viborg Landsting, og i 1060 blev Viborg bispeby. I takt med byens stigende betydning byggede man en domkirke, 12 sognekirker og 3 klostre inden for voldanlægget, som kong Svend lod opføre i 1151.
I forbindelse med kirkens religiøse fester afholdt byen markedsdage for at understrege festlighederne. Disse markeder blev hurtigt kendt og tiltrak folk fra nær og fjern.
Gennem middelalderen, i 650 år, forblev Viborg en vigtig by for både kongen og kirken. Byens historie er præget af kongelige og religiøse begivenheder, der har sat sit præg på Viborgs kulturelle arv.
Viborg Gråbrødre Klosters bygninger, som de ses i dag, er rester fra et stort bygningskompleks indeholdende 2 klostergårde, kirke samt diverse mindre udlænger. Østfløjen med Kongens Kammer og "kælderkirken" er fra 1500-tallet.
Gråbrødre Klosterkirke har siden 1949 været indrettet i den hvælvede kælder under den nuværende hovedfløj.
Kirken er lukket, men besøg kan efter aftale indgås i forbindelse med en bestilt guidet byvandring.