Dronning Dorothea sad i enkesæde på Sønderborg Slot efter Kong Christian III´s død i 1559 på Koldinghus. I årene 1568-70 fik Dronning Dorothea indrettet et renæssance kirkerum i nordfløjen på Sønderborg Slot.
Fløjaltertavlen er fremstillet omkring 1550-60 af Frans Floris, Antwerpen. Døbefonten er fremstillet af sort kalksten, flammet marmor og figurer af alabast, den blev bestilt af Christian III i 1557 hos Cornelius Floris, Antwerpen.
Efter Dronning Dorotheas død i 1571 overtager Hertug Hans den Yngre Sønderborg Slot og fra hans tid stammer prædikestolen, herskabsstolene og de tre figurer på orgelet, disse dele er udført af en lokal billedskærer, Niels Tagesen.
Fra Hertug Hans´s tid stammer også det utrolig smukke portalepitafiet, der omkranser den aflåste dør ind til krypten med den hertuglige familie.
Epitafiet udført i sort marmor og alabast viser Hertug Hans den Yngre, knælende med sine 8 sønner på den ene side af et opstandelsesrelief og på den anden side knæler hans første hustru Elisabeth af Braunschweig-Grubenhagen samt deres 6 døtre.
Kirken har kun betjent de adelige og efter hertugfamilien forlader slottet i 1667 ender de regelmæssige kirkelige handlinger og den sidste kendte handling er bisættelsen af Louise Augusta i 1843.
For åbningstider se Museet på Sønderborg Slot.
Du kan læse mere om slotskirken på denne PDF fra Nationalmuseet