Fjorden er oplagt for fiskeri fra jolle/båd. Her fanges havørred og aborre om foråret. Aborrer gyder i Avnø Fjord.
Her er mange ferske udløb i bugten. Et godt stykke ude i fjorden ses Avnø Røn, en lille ø bevokset med marehalm med både måge- og terne koloni.
Avnø Fjord rummer sin egen bestand af sæler. Sælerne ses bl.a. ved lavvande liggende på de store sten i fjorden. Hele Avnø fjord er udlagt som et EU-fugle beskyttelsesområde.