Kirken er en hvidkalket romansk kirke bygget i perioden 1150-75, og består af kor, skib og et apsis opført i 1939 samt et sengotisk tårn mod vest. Kor og skib er opført af granitkvadre samt rhinsk tuf g røde munkesten, der tilsammen udgør de 90 cm tykke mure. Lintrup Kirke er en af 3 kirker i området, der er blevet bygget under stærk påvirkning fra Ribe Domkirke.
I 1690 blev kirken ramt af en voldsom brand, som lagde både kor og skib i aske. Ved genopbygningen blev der brugt mursten fra Riberhus. De andre kirker i Ribe Stift fik ordre fra kongen om, at alle skulle give en rigsdaler til Lintrup Kirkes genopbygning. En anmodning, der ikke vakte begejstring og få efterkom, selv om selveste kongen gav sin andel. Branden fandt sted kort tid efter en gennemgribende restaurering.
Kirkerummet har træloft med bjælker, stengulv og vægge af kampesten. Små vinduer, som ofte er blevet ændret gennem årene. Den romanske døbefont i granit har mange ”udskæringer", men er glat på den side, der vender mod væggen. Som alterprydelse bruges nu et korbuekrucifiks fra omkring 1250.
Inskriptionen på kirkeklokken fortæller, at Lintrup Kirke er viet til Maria Magdalene. Den nuværende klokke er omstøbt, fordi den oprindelige revnede, men inskriptionen fra den gamle er brugt igen.
På kirkegården syd for kirken er der et gravsted, hvor man har samlet alle gravsten og jernkors for sognets faldne i 1. verdenskrig. Lintrup var frem til genforeningen i 1920 en del af det tyske rige, hvorfor sognet unge mænd måtte udføre tysk krigstjeneste - uagtet deres danske sindelag. Gravsten og jernkors er renoveret og de oprindelige tekster er bibeholdt. Samlingen er lavet for at fastholde erindringen om denne del af områdets historie. Beliggenheden tæt ved Kongeåen har også inspireret til et staudebed med blomster i blå og lilla farver - et bed, som symboliserer Kongeåen. Der etableres også en kirkehave med bænke til rekreation og refleksion.
Bevaringsværdige gravsten fra kirkegården står samlet. Det er bl.a. gravstenen for Hans G. Pilegaard, der var folkemindesamler.