I en periode blev kirken anvendt til først krudtmagasin og senere til fægtesal, men 1840-43 blev kirken restaureret med anvendelse af det oprindelige inventar.
I dag anvendes Kronborg Slotskirke til kirkelige handlinger som gudstjenester og bryllupper for Skt. Mariæ Sogn i Helsingør, samt til koncerter. Se kalender over gudstjenester i Kronborg Slotskirke