Kirken er ikke bare en smuk kirke, men også en særlig kirke, der er lidt anderledes i forhold til de øvrige danske kirker. De fleste danske kirker har kirketårnet mod vest og alteret mod øst. Dermed har man altid kunnet bruge kirkerne som et kompas, så man ved hvor de fire verdenshjørner befandt sig. Hobro Kirke er dog en af de få, der har både tårnet og alteret mod øst. Så hvis I vil se solopgangen ved kirken, skal I altså vende blikket mod horisonten i tårnets retning.
Hobro Kirke var tidligere en romansk kirke opført i kvadresten. Kirken forfaldt på grund af fattigdom, storbrande og krig og måtte nedrives i 1848. Arkitekten Gottlieb Bindesbøll, som især er kendt for Thorvaldsens Museum, kom til at stå for den nye kirke, som blev indviet i 1852.
Bindesbøll hentede sine idéer mange steder fra. Tårnet er utraditionelt placeret over alteret i østenden af kirken, hvor den præsenterer sig bedst, set fra byens hovedgade. Karnapperne fungerer i konstruktionen som "stræbepiller", der skal tage det ekstra tryk fra taget, der fremkommer, fordi hvælvingen i kirken går højt op i tagrummet. Murerne er karakteristiske ved deres vekslen mellem røde og gule murstensbånd samt ved trappefrisen, der går igen inde i kirken og dermed binder det indre og det ydre samme.
I 1993-94 fik kirken en gennemgribende restaurering. Mest indvendigt, hvor kirken har skiftet fuldstændig karakter. Alt puds blev fornyet, så det kunne danne en god grund for den nye farvesætning. Ledetråden for hele restaureringsarbejdet var at finde tilbage til Bindesbølls idéer. Inspirationen fra Bindesbøll skulle forbinde sig med nutidstanker, så vor tid på den måde kom til at give sit selvstændige bidrag til kirkens historie.
Til at varetage farvesætningen blev kunstneren Arne L. Hansen valgt. Han fik den bundne opgave at tilpasse kirkens farver til farverne i Skovgaard-mosaikken i koret. Med stor sikkerhed har han løst denne opgave, så kirken i sin helhed fremtræder lys og opløftende for sindet. Farverne på såvel hvælv som vægge og bænke danner en sammenhæng, hvor tilmed mosaikken på altervæggen er kommet til at stå stærkere, end den gjorde før. Og et nyt orgel i den anden ende af kirken fremtræder ligeledes som en naturlig del af helheden.
Bindesbølls oprindelige plan til alterudsmykning blev først realiseret i forbindelse med kirkens 100-års dag i 1952 med en mosaik af "den tronende Kristus", udført af Johan Thomas Skovgaard. Denne altertavle er ikke længere i Hobro Kirke, da den blev overdraget til Sønderup Kirke for blot 1 kr. Til kirkens 100-års dag fik kirken også nyt kors. Fra den gamle middelalderkirke overførtes også døbefonten i granit, prædikestolen, to lysekroner, epitafierne på skibets østvæg og korets nordvæg samt to lysestager på alteret, som blev skænket til kirken i 1604 af borgmester Niels Lauritzen.
I Hobro Miniby ved GASmuseet, finder I flere genskabte bygninger i miniformat, hvoraf Hobro Kirke er en af dem.