På stedet har der tidligere stået en stubmølle, som stod indtil en stærk storm i 1776 ødelagde vinger og aksel. Den blev i første omgang genopbygget, men blev i 1835 udskiftet med den nuværende mølle.
Møllen er istandsat med midler fra Fabrikant Mads Clausens Fond.
For åbningstider se Havnbjerg Mølle Museum.