Egebjerggård var avlsgård for herregården Kørup fra 1400-tallet. I midten af 1600-tallet lagde herremanden Henrik Podebusk mere jord til gården og oprettede den som hovedgård under navnet Einsidelsborg. Den ny hovedgård gik i arv til hans yngste søn og blev ophøjet til baroni i 1676. I 1716 blev Einsidelsborg forenet med Kørup hovedgård igen, da ejeren ikke havde nogen arvinger. Ejerfamilien fik også mange ejendomme i Tyskland og flyttede derfor til Pommern, mens Einsidelsborg fik lov til at forfalde.
I 1781 blev ejendommene solgt til hofmarskal A. G. Moltke, som fik rettet op på forfaldet og gjorde landbruget meget mere effektivt. Senere blev gårdene solgt til den tidligere generalguvernør på De Vestindiske Øer, Vilhelm de Roepstorff. Einsidelsborg indgik herefter i grevskabet Roepstorff. I 1921 overgik Einsidelsborg til fri ejendom efter lensafløsningen og skiftede i 1931 navn til Egebjerggård. Tæppefabrikant Mads Eg Damgaard købte godset i 1963, og siden har hans familie ejet godset.
I 1831 opførte greven den nuværende hovedbygning efter en tegning af arkitekt J. P. Jacobsen. Bygningen har en fløj i to etager og blev restaureret og moderniseret i 1963-64.
Egebjerggård er ikke åben for offentligheden, og man kan kun se bygningen fra vejen.