Gennem flere hundrede år har der været skanse og befæstningsanlæg på Slipshavn f.eks. under svenskekrigene i 1600-tallet og englænderkrigen i begyndelsen af 1800-tallet, hvor området havde den største kanonbådsbase udenfor København. Militæringeniørerne så et stort potentiale i Slipshavn, og både i midten af 1600-tallet og i midten af 1700-tallet blev det foreslået at flytte Nyborg by til Slipshavn af strategiske årsager – planerne blev dog som bekendt aldrig ført ud i livet.
Fra 1400-tallet og indtil 1857 skulle udenlandske fartøjer betale strømtold til Danmark, når de passerede sund og bælter. Der har derfor ligget vagtskibe ved Nyborg og senere Slipshavn, som skulle sikre, at tolden blev betalt. I 1843 blev der opført en egentlig toldbygning inde i skansen på Slipshavn. Efter strømtoldens ophævelse blev toldkontoret ombygget til boliger for tre lodsfamilier. I 1974 blev hovedlodsstationen på Slipshavn nedlagt og flyttet til Spodsbjerg, og i dag er den gamle toldbygning fredet.
Lige over for toldbygning boede krydstoldbetjenten og hans familie. Krydstoldvæsnet blev oprettet i 1824 og havde til opgave at forhindre smugleri på handelsskibene.
På Slipshavn kunne man en overgang også støde på ”Den forgyldte kat”, som var områdets kro. Det var især de mange skibe, der lå ved Slipshavn for at betale told, der havde gavn af kroens tilbud. Kroen udviklede sig dog også til et yndet udflugtsmål for nyborgenserne, da den kunne tilbyde en keglebane.
En overgang kørte der tog til Slipshavn. Jernbanen blev anlagt i 1883 og gik fra Nyborg til Knudshoved, hvor der var holdeplads og videre til endestationen Slipshavn. Det var isvintrene, der var årsag til at jernbanestrækningen blev etableret. Når Nyborg Fjord frøs til kunne isbryderne ikke nå ind til færgehavnen i Nyborg. Planen var derfor, at isbryderne skulle opsamle og afsætte passagerer ved Knudshoved og Slipshavn i stedet for. Det viste sig hurtigt at indsejlingsforholdene ved Slipshavn var meget dårlige, når Danmark blev ramt af isvintre og banestrækningen ”Knudshoved – Slipshavn” blev allerede nedlagt i 1905, uden at den havde været brugt til sit oprindelige formål. Strækningen ”Nyborg – Knudshoved” var til gengæld i brug indtil 1956. Fra 1928 blev banen også anvendt af badetog fra Odense.
Når vintrene var særlig strenge, blev der sat isbåde ind på Storebæltsoverfarten. Turen gik fra Knudshoved via Sprogø til Sjælland. Isbåde var store robåde, der var forsynet med to meder, således at de kunne trækkes hen over isen. Isbådetransporten blev allerede lagt i faste rammer i 1777 og i første halvdel af 1800-tallet blev der bygget en isbådestation på Knudshoved. Isbådene blev taget i brug for sidste gang i 1929 og isbådestationen nedlagt i 1937.
I forbindelse med 1. Verdenskrig blev der i 1916 oprettet en undervandsbåds- og flyvebådsstation ved Slipshavn. I mellemkrigstiden blev Slipshavn i perioder benyttet af Søværnets minefartøjer og flyvebåde til øvelser. Men i 1939 var Europa igen i krig og Slipshavn dannede base for minerekognoscering med fly og fungerede som kommandostation for minespærringerne i Storebælt og Lillebælt.
I løbet af besættelsen kom der ca. 2000 tyske soldater til Nyborg, og en del af dem blev indkvarteret i nyoprettede barakker på Slipshavn. Efter krigen blev 150 tyske krigsfanger anbragt på marinestationen og bevogtet af engelske styrker. I 1956 overtog Marinehjemmeværnet Slipshavn, og området med dets bygninger benyttes i dag til administration, kursuscenter og indkvartering af kursisterne.
OBS: Det er ikke muligt at besøge selve området med skansen/bygningerne, da dette er militært område tilhørende Marinehjemmeværnet. Området kan betragtes på afstand. Fra tid til anden, arrangeres der guidede ture i området.